核磁共振扫描仪（MRI）是使用非常强的磁场和无线电波，这些磁场和无线电波与组织中的质子相互作用，产生一个信号，然后经过处理，形成人体图像。质子(氢原子)可以被认为是微小的条形磁铁，有北极和南极，绕轴旋转——就像行星一样。正常情况下，质子是随机排列的，但当施加强磁场时，质子磁场方向会与这个磁场方向对齐。
用正确频率的无线电波脉冲激发质子，使它们产生共振，扰乱磁性排列。被激发的质子以射频信号的形式释放吸收的能量，发射物被扫描仪上的接收线圈接收。引起质子共振的无线电频率取决于磁场的强度。在核磁共振扫描仪中，梯度线圈被用来改变整个身体的磁场强度。这意味着身体的不同部位会以不同的频率共振。因此，通过按顺序应用不同的频率，你可以分别对身体的各个部分进行成像，并逐渐形成一幅图像。
CT和磁共振都是头部很常用的检查方法，两者各有优缺点。CT对于脑出血以及颅骨的骨折等能够明确的显示，而磁共振对于脑部的各种疾病，像脑缺血脑梗塞以及脑部的肿瘤以及血管畸形等情况显示的比较好。如果是没有过外伤，还是首先做磁共振检查要好一些，磁共振对于脑部的疾病险是非常清楚。此外，磁共振也没有辐射，CT有一定的辐射，所以磁共振是完全无害的检查方法，因此是首选的检查。
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